Лицей № 486 стремится дать углублённые знания за счёт расширенных образовательных программ: В лицейских классах идёт расширенное изучение предметов естественного цикла (физика, математика, биология, химия). Педагогический коллектив лицея стремится делать так, чтобы для любого ученика школа стала территорией успеха .

В программу внеурочной деятельности начальной школы и 5-6 классов входят занятия по духовно-нраственному, спротивно-оздоровительному, общеинтеллектуальному, общекультурнуму и социальному направлениям. Это занятия "Азбука этикета", "Наглядная геометрия", "Космос", "Лего-конструирование", "Прогулки по Санкт-Петербургу" и многие другие..

В лицее работает служба психолого-педагогического сопровождения: педагог-психолог и логопед помогают выявить проблемы при обучении у детей, помогают им справиться со сложностями, консультируют педагогов и родителей.